Распоряжением Губернатора области Тулеева Амана Гумировича от 17.11.1998 г. № 897-к взамен Управления угольной промышленностью в целях упорядочения структуры управления топливно-энергетического комплекса Кемеровской области появился Департамент топливно-энергетического комплекса Администрации Кемеровской области.
В состав департамента входило 4 управления (угольной промышленностью, электроэнергетики, экономико-аналитическое, перспективного развития и инвестиций), а также 2 отдела (оргструктур, акционерного капитала и ценных бумаг; социально-трудовых отношений и охраны труда).
За прошедшие годы в Администрации области проводилась работа по улучшению структуры подразделений. Преобразования произошли и в департаменте топливно-энергетического комплекса АКО.
Распоряжением Губернатора области от 20.07.2007 г. № 75-гк департамент топливно-энергетического комплекса был преобразован в департамент угольной промышленности и энергетики. Распоряжением от 08.04.2008 г. № 30-гк — в департамент промышленности и энергетики. Распоряжением от 13.04.2009 г. № 47-гк — снова преобразован в департамент угольной промышленности и энергетики АКО.
В составе департамента угольной промышленности и энергетики стало три управления (угольной промышленности, по социальным вопросам, энергетики).
15.02.2016 г. департамент угольной промышленности и энергетики преобразован в департамент угольной промышленности. В его составе управление угольной промышленности и управление по социальным вопросам.
Начиная со дня образования, департамент входил в структуру, первого заместителя Губернатора по ТЭК, затем — заместителя Губернатора по ТЭК, а после — заместителя Губернатора по угольной промышленности и энергетике.
С сентября 2018 года департамент угольной промышленности, в составе которого управление угольной промышленности и управление по взаимодействию с угольными компаниями, вошел в подчинение Заместителя Губернатора по промышленности, транспорту и экологии.
С 2020 года Администрация Кемеровской области стала именоваться Администрацией Правительства Кузбасса. Оставшись в ее структуре ведомство стало департаментом угольной промышленности Администрации Правительства Кузбасса.